Las pinturas del techo, las cuatro bóvedas y el ábside, junto con las inscripciones del intradós de los arcos, decorados con volúmenes florales, siguen una progresión doctrinal, responden a un programa religioso con intención doctrinal y catequética. Expresan el camino de salvación del cristiano en el seno de la Iglesia a través del ejercicio de las virtudes y la práctica de los sacramentos, en especial Eucaristía, que culmina en el triunfo final: la resurrección de los justos. Las cuatro bóvedas también simbolizan cada una de las cuatro partes en que, de ordinario, están distribuidos los catecismos católicos.

La fe

1ª Bóveda

La primera bóveda representa la fe, por la que se entra en el seno de la Iglesia, y está dominada por el tono rojo. Se representa la fachada de San Pedro del Vaticano como centro de las irradiaciones de la fe. Un ángel señala esa irradiación mientras que otro ángel aparece en actitud sumisa representando la aceptación de la Iglesia a la revelación divina. Los cuatro evangelistas, autores de los libros culminantes de la revelación, aparecen representados en medallones bajo la fachada. A los lados hay dos escudos representativos de la jerarquía sagrada. La pintura de esta primera bóveda está muy dañada por el incendio de 1930 ya que una hoguera y el incendio del coro se formaron bajo esta bóveda.

Tras la primera bóveda, en el arco se halla la inscripción «CREDERE OPORTET ACCEDENTEM AD DEVM» (quien se acerca a Dios tiene que creer Hb 11,6). Refuerza el simbolismo de la bóveda precedente sobre la fe como entrada en la Iglesia.

Las virtudes

2ª Bóveda

La segunda bóveda representa algunas de las virtudes que ha de practicar el cristiano. La reina de las virtudes, la caridad, se representa como una figura femenina coronada en el centro, y a sus pies cuatro matronas que representan las virtudes cardinales, de izquierda a derecha: prudencia, fortaleza, justicia y templanza. En los ángulos hay cuatro ángeles con sus respectivas bandas que ponen «PRUDENTIA», «JUSTITIA», «FORTITUDO» y «TEMPERANTIA»; en cambio no hay rótulo alguno referente a las virtudes teologales (fe, esperanza y caridad).

A esta segunda bóveda se le atribuye una clara intención de simbolizar la doctrina católica en lo referente a fe y obras en oposición a la protestante, tanto que en algún texto a esta bóveda se le da por título «las obras».

El segundo arco contiene la inscripción «MANDATA MEA SERVATE» (guarda mis mandamientos, Jn 14,15), en correspondencia con la bóveda precedente y su exigencia de obrar en congruencia con lo que se cree.

Los sacramentos

3ª Bóveda

La tercera bóveda está dedicada al tema de la gracia a través de los sacramentos. Aparece la representación del Cordero Místico sobre el libro de los siete sellos que solamente podía abrir el Cordero, visión contenida en el capítulo 5 del Apocalipsis. Brota un torrente alusivo al agua viva —que en terminología catequética suele denominarse gracia santificante— de la que Cristo habló a la Samaritana (Jn 4) y también a un pasaje de Isaías que figura en una banda a ambos lados del torrente «HAURIETIS AQUAS IN GAUDIO DE FONTIBUS SALVATORIS IS 12.3» (sacaréis aguas con gozo de las fuentes de la salvación Is 12,3); Haurietis Aquas es además el título de la encíclica de Pío XII sobre el sagrado Corazón de Jesús). El simbolismo continúa pues el agua se reparte en siete caños que representan los sacramentos a los que acuden sedientas las almas representadas por dos ciervos, simbolismo inspirado en el inicio del Salmo 41 (numeración litúrgica) «Como busca la cierva corrientes de agua, así mi alma te busca a ti, Dios mío». Los peces de los laterales aluden al símbolo usado por los primitivos cristianos.

El tercer arco tiene la inscripción «ACCIPITE SPIRITVM SANCTVM» (recibid el Espíritu Santo Jn 20,22), que hace referencia a la acción del Espíritu Santo en la difusión de la gracia representada en la bóveda precedente.

La oración

4ª Bóveda

La cuarta bóveda está dedicada al tema de la oración. Muestra al Santísimo Sacramento en el centro, expuesto en custodia sobre el altar, y más arriba el busto superior del Señor en el Cielo. A los lados del altar dos ángeles con incensarios de oro y a los lados del Santísimo hay otros incensarios. El humo del incienso, las oraciones de los justos, llega hasta el Cielo. Hay una clara inspiración en Apocalipsis 8,3 en que un ángel, con un incensario de oro lleno del incienso de las oraciones de los santos, incensa el altar de oro que está ante el trono de Dios. En esta bóveda domina el color verde como símbolo de esperanza en la eficacia de las oraciones de los santos.

En el cuarto arco se halla la inscripción «PETITE ET DABITVR VOBIS» (pedid y se os dará Mt 7,7 Lc 11,9), concordante con lo que la bóveda precedente simboliza sobre las oraciones de los santos y su eficacia.

Con lo representado en las cuatro bóvedas el cristiano ha cumplido la voluntad de Jesucristo dentro de su Iglesia, idea de seguimiento de Cristo que se refuerza en un quinto arco, próximo al cuarto, con la inscripción «EGO SVM VIA VERITAS ET VITA» (Yo soy el camino, la verdad y la vida Jn 14,6).

Tras el seguimiento de Cristo, representado en los elementos precedentes, solamente resta el triunfo final, que se vuelve completo el día de la resurrección de la carne, tema al que está dedicada la decoración del ábside.

Un último arco sirve de apoyo a la bóveda del ábside y enmarca su pintura. Contiene en el intradós la inscripción «VENITE BENEDICTI PATRIS MEI» (venid, benditos de mi Padre Mt 25,34).

En su cara visible desde la entrada este último arco está coronado por las letras alfa y omega, uno de los nombres de Cristo en Ap 1,8, seguidas a media altura por las figuras de los profetas Isaías y Joel y, en el arranque, de las figuras de dos ángeles; el resto contiene decoración vegetal. La elección de estos profetas se debe a sus textos alusivos a la resurrección. Al lado izquierdo un medallón representa una figura humana con una cinta que pone «ISAIA 26.19» y en la mano un libro abierto en el que se lee «Vivent mortui tui interfecti mei resurgent expergiscimini et laudate qui habitatis in pulvere» (Revivirán tus muertos, mis cadáveres se levantarán; despertad y cantad los que yacéis en el polvo Is 26,19). Al lado derecho un medallón presenta una figura humana con una cinta que pone «JOEL 3.2» y en la mano un libro abierto en el que se lee «Congregabo omnes gentes et deducam eas in valle Josaphat et disceptabo cum eis ibi super populo meo» (Reuniré a todas las naciones y las haré descender al valle de Josafat, y entraré en juicio con ellas a causa de mi pueblo Jl 3,2).

La bóveda del ábside, unos 120 metros cuadrados, está ocupada por la gran composición del triunfo de los justos en el Juicio Final. En esta pintura pasan de 200 las figuras de cabezas completas y de 600 las figuras o cabezas indicadas. La pintura está llena de detalles significativos en lo referente al Señor y a los santos escogidos para ser representados. Como es habitual en estos cuadros con multitud de personajes su elección va de acuerdo con las preferencias de quienes los encargan más alguna licencia que se toman los artistas, de ahí la lógica abundancia de santos jesuitas y la presencia del fundador de la residencia e iglesia, Cesáreo Ibero.

En el estudio realizado para la restauración7​ no se observaron señales de arrepentimientos ni dibujo subyacente, únicamente las marcas rojas y negras que bordean las figuras y sirven como recurso para situar las figuras en primer o segundo término, con mayor o menor importancia. Hay líneas negras aplicadas sobre los contornos de las figuras importantes, a veces estas líneas están aplicadas sobre otras rojas; las líneas rojas definen detalles y rasgos del dibujo. Las figura que carecen de líneas son las dispuestas como fondo de la composición.

En este Juicio Final los pintores prescindieron de la condenación de los réprobos para representar el momento en que los predestinados, a la voz del Salvador que los bendice, se congregan en torno a Él y comienzan a gozar los gozos celestiales y sobre los diversos coros de bienaventurados se extienden chorros de luz que salen del trono de la divinidad.

En la parte superior de la pintura, y como centro de toda la composición, está Jesucristo, juez de vivos y muertos, que abre los brazos para recibir a los bienaventurados; más arriba aparecen el Padre y el Espíritu Santo en forma de paloma. Cristo está rodeado por la mandorla mística y tras ella, y los resplandores que de ella emanan, está insinuada una cruz formada por rayos luminosos, el brazo vertical, y visibles los extremos, tono madera, del brazo horizontal. La presencia de esta cruz abona a los autores a la interpretación de que ese es el estandarte del Hijo del hombre a que se refiere Mt 24,30.

Los posiciones más destacadas y próximas a Nuestro Señor se han asignado a las máximas figuras de la Iglesia, personajes neotestamentarios.

A la derecha de Cristo se hallan la Virgen y San José; tras ellos un grupo de apóstoles empezando por San Juan y Santiago el Menor, pariente de Jesús cuyo parentesco expresaron los artistas con la semejanza de sus rostros, y terminando por San Andrés de semblante venerable. A la izquierda están San Juan Bautista y otro grupo de apóstoles, el primero de ellos Santo Tomás en actitud de exclamar «¡Señor mío y Dios mío!» (Jn 20,28). Entre los demás está San Pablo con sus manos apoyadas en la espada.

Detrás de los grupos de apóstoles se divisan las legiones angélicas que, incontables, se pierden a lo lejos.

En la parte inferior de la composición se representa la multitud de la visión de San Juan (Ap 7,9), gentes de todas las razas, de todas las lenguas, de todas las edades que probados por la tribulación blanquearon sus vestiduras en la sangre del Cordero. Hay unas ochenta figuras o cabezas completas a cada lado, detrás de las cuales se ve una multitud cuyos contornos se van esfumando hasta perderse de vista. Entre los dos grupos destaca la figura de un ángel que parece animar con su derecha a acercarse al trono de la divinidad, que se divisa en la altura, mientras con su izquierda eleva al cielo a unos resucitados.

Los rostros de los predestinados reflejan los efectos sobrenaturales de la Parusía. Unos como San Ignacio de Loyola, Santo Tomás de Aquino o Santa Cecilia se abisman en la contemplación de la divinidad; otros como San Carlos Borromeo o San Francisco de Asís expresan su amor a Jesucristo al que se sienten poderosamente atraídos.

Alrededor de San Ignacio de Loyola se representan algunos de sus primeros compañeros, como San Francisco Javier, tras el cual se representa a los esposos San Enrique y Santa Cunegunda, emperadores de Alemania; a su lado, delante, están los cuatro doctores de la Iglesia latina: el traje de San Jerónimo de color rojo vivo; los mantos de San Gregorio Magno y San Agustín, lujosísimos y representados con mucho detalle.

Más allá un grupo de monjas dan luz al conjunto con sus blancas tocas; delante de ellas un grupo más oscuro de cuatro religiosos entre los que se halla San Francisco de Asís.

Al lado derecho destaca Santa Cecilia con la corona de mártir, rico manto y collares de perlas. Y hacia el centro de las figuras los pintores retrataron, por inspiración propia y apartándose del boceto, al fundador del templo, el padre Cesáreo Ibero. A su derecha Santo Tomás de Aquino y a su izquierda y algo debajo San Carlos Borromeo con traje rojo vivo extiendo los brazos hacia el Señor. También aparece San Alonso Rodríguez como anciano venerable con el rosario en la mano y junto a él otros jesuitas, entre ellos San Luis Gonzaga con roquete y arrodillado. Más arriba San Fernando III, rey de Castilla y León, con las manos juntas, corona y manto real.

En total hay unos 50 personajes históricos, casi todos canonizados, pintados en la parte inferior.

En contraste con los demás personajes de esta gran pintura que, mirando a Jesucristo o de otras maneras, están atentos a lo que ocurre en la escena, al lado izquierdo, oculto parcialmente por el ala de un ángel, hay un personaje que parece estar totalmente ajeno, ocupado en otra cosa que incluso podría ser pintar; se trata de un autorretrato del pintor Wilhelm Immenkamp que, además de dejar su firma en el ángulo inferior derecho de la pintura, ha dejado también su imagen.

Inmediatamente bajo la pintura del Juicio Final hay un friso ocupado, en su mayor parte, por decoración vegetal. En el centro tiene una cinta con la inscripción «EXSULTABUNT SANCTI IN GLORIA» (Alégrense los fieles por su gloria Sal 149,5), indudable alusión a la pintura de la bóveda, y a los lados dos pinturas alusivas a la resurrección: la resurrección de Lázaro y la visión de Ezequiel sobre los huesos secos que se cubren de carne y vuelven a la vida.

La escena de la resurrección de Lázaro lleva como pie «Lazare veni foras. Et statim prodiit qui… Joan 11» (Lázaro, sal fuera. Y al instante salió… Jn 11,43-44) y está a la izquierda por representar un pasaje evangélico. Al lado derecho se halla la representación del pasaje de los huesos secos con el pie «Vaticinare de ossibus istis et dices eis: Ossa… Ez. 37» (Profetiza sobre estos huesos y diles: huesos… Ez 37,4). Esta disposición se debe a un detalle de la celebración tradicional de la Misa (la actualmente denominada Forma Extraordinaria del Rito Romano y que era la celebrada ordinariamente cuando el templo se decoró): el sacerdote lee la Epístola (que puede ser un texto profético como el de Ezequiel) al lado derecho, denominado tradicionalmente lado de la Epístola, y el Evangelio, que podría ser el de la resurrección de Lázaro, al lado izquierdo, denominado lado del Evangelio.

Bajo el mencionado friso todavía hay un pequeño espacio sobre las columnas con decoración vegetal y doce pequeños medallones; de ellos siete están dedicados a representaciones simbólicas de los sacramentos, otro representa el Corazón de Jesús y los cuatro restantes contienen cristogramas JHS.